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Y_CHR_Pferd
Allgemeine Projektinformationen
Titel (deutsch)
Genetische Charakterisierung der Hengststämme österreichischer Pferderassen mit Y-chromosomalen DNA Markern
Titel (englisch)
Characterisation of stallion lines in Austrian horse breeds with Y-chromosomal markers
Abstract (deutsch)
Abstract (englisch)
Projektleitung
Barbara Wallner
Forschungseinrichtung
Veterinärmedizinische Universität Wien
Finanzierungspartner
Bundesministerium für Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft
Bundesministerium für Nachhaltigkeit und Tourismus
Projektnummer
101184
Projektlaufzeit
-
Projektziele
Die einzelnen Ziele des beantragten Projektes sind:
Z1: Eindeutige Charakterisierung der Hengststämme österreichischer Pferderassen (Lipizzaner, Noriker, Haflinger, Shagya Araber, Österreichisches Warmblut und Altösterreichisches Warmblut) mit Y-chromosomalen DNA Markern.
Z2: Entschlüsselung der Herkunft der Gründerhengste und Untersuchung der Verwandtschaftsbeziehungen zwischen den Hengststämmen
Z3: Untersuchung der Verbreitung der identifizierten Y-chromosomalen Haplotypen in der österreichischen Pferdepopulation.
Um die Ziele zu erreichen werden im ersten Arbeitsschritt (Z1) von 192 Hengsten Y-chromosomale Regionen aus DNA Proben, in Summe etwa 1,7 MB mittels \"target-enrichment\" angereichert (Gnirke et al. 2009). Diese Art der Anreicherung stellt bereits eine Standardtechnik zur Sequenzierung von ausschließlich proteinkodierenden Regionen („Exome Sequencing“) dar (Bamshad et al. 2011). Für das Projekt werden eigens dafür synthetisierte „Capture-baits“ hergestellt, die eine Anreicherung von Y-chromosomalen Sequenzen vor dem Sequenzierschritt ermöglichen. Der Anreicherungsschritt reduziert die Komplexität der DNA-Probe und somit die Sequenzierkosten. Das Anreicherungsprodukt wird dann mit NGS Technologie sequenziert. Nach Auswertung der Sequenzdaten und Identifikation von Haplotypen, werden die phylogenetischen Beziehungen zwischen den Hengststämmen rekonstruiert (Z2). Um die Herkunft der Hengststämme abzuklären werden auch die Y-chromosomalen Haplotypen von etwa 60 Hengsten anderer Rassen ermittelt. Dieser Vergleich liefert wichtige Informationen zur Einschätzung der genetischen Wurzeln der österreichischen Wurzeln. (Z3) Zuletzt werden für die NRY Polymorphismen SNP-Assays generiert, mit denen die Verteilung der ermittelten Haplotypen in einer für die Gesamtpopulation repräsentativen Stichprobe überprüft wird.
Bamshad MJ, Ng SB, Bigham AW, Tabor HK, Emond MJ, et al. (2011) Exome sequencing as a tool for Mendelian disease gene discovery. Nat Rev Genet 12: 745-755.
Gnirke A, Melnikov A, Maguire J, Rogov P, LeProust EM, et al. (2009) Solution hybrid selection with ultra-long oligonucleotides for massively parallel targeted sequencing. Nat Biotechnol 27: 182-189
Hallast P, Batini C, Zadik D, Maisano Delser P, Wetton JH, et al. (2015) The Y-Chromosome Tree Bursts into Leaf: 13,000 High-Confidence SNPs Covering the Majority of Known Clades. Mol Biol Evol 32: 661-673.
Praxisrelevanz
Berichte
Abschlussbericht
Anhänge
Dateiname
Enbericht_BW_20190401_barrierefrei.docx
Beschreibung
Genetische Charakterisierung der Hengststämme österreichischer Pferderassen mit Y-chromosomalen DNA Markern
Autor/innen
Dr. med. vet. Barbara Wallner
Publikationen
Alle Publikationen wurden vom Projektverantwortlichen eingetragen und liegen in dessen Verantwortung.
Felkel, S., Wallner, B., Chuluunbat, B., Yadamsuren, A., Faye, B., Brem, G., Walzer, C., & Burger, P. A. (2019). A First Y-Chromosomal Haplotype Network to Investigate Male-Driven Population Dynamics in Domestic and Wild Bactrian Camels (Frontiers in genetics, 10, 423). .
Gaunitz, C., Fages, A., Hanghøj, K., Albrechtsen, A., Khan, N., Schubert, M., Seguin-Orlando, A., Owens, I. J., Felkel, S., Bignon-Lau, O., de Barros Damgaard, P., Mittnik, A., Mohaseb, A. F., Davoudi, H., Alquraishi, S., Alfarhan, A. H., Al-Rasheid, K. A. S., Crubézy, E., Benecke, N., Olsen, S., … Orlando, L. (2018). Ancient genomes revisit the ancestry of domestic and Przewalski’s horses (Science (New York, N.Y.), 360(6384), 111–114). .
Felkel, S., Vogl, C., Rigler, D., Jagannathan, V., Leeb, T., Fries, R., Neuditschko, M., Rieder, S., Velie, B., Lindgren, G., Rubin, C. J., Schlötterer, C., Rattei, T., Brem, G., & Wallner, B. (2018). Asian horses deepen the MSY phylogeny (Animal genetics, 49(1), 90–93). .
Felkel, S., Vogl, C., Rigler, D., Dobretsberger, V., Chowdhary, B. P., Distl, O., Fries, R., Jagannathan, V., Janečka, J. E., Leeb, T., Lindgren, G., McCue, M., Metzger, J., Neuditschko, M., Rattei, T., Raudsepp, T., Rieder, S., Rubin, C. J., Schaefer, R., Schlötterer, C., … Wallner, B. (2019). The horse Y chromosome as an informative marker for tracing sire lines (Scientific reports, 9(1), 6095). .
Remer, V., Bozlak, E., Felkel, S., Radovic, L., Rigler, D., Grilz-Seger, G., Stefaniuk-Szmukier, M., Bugno-Poniewierska, M., Brooks, S., Miller, D. C., Antczak, D. F., Sadeghi, R., Cothran, G., Juras, R., Khanshour, A. M., Rieder, S., Penedo, M. C., Waiditschka, G., Kalinkova, L., Kalashnikov, V. V., … Wallner, B. (2022). Y-Chromosomal Insights into Breeding History and Sire Line Genealogies of Arabian Horses Genes, 13(2), 229.