eDNA & Fisch Index Austria: Umwelt-DNA (eDNA) als ergänzender Beitrag zur Bewertung des fischökologischen Zustands nach EU WRRL in Österreich – Möglichkeiten/Grenzen

Projektleitung

Michael Schabuss

Forschungseinrichtung

Profisch - Ingenieursbüro für Biologie

Projektnummer

101718

Projektlaufzeit

-

Finanzierungspartner

Bundesministerium für Landwirtschaft, Regionen und Tourismus

Allgemeine Projektinformationen

Abstract (deutsch)

Seit 2006 wird in Österreichs Gewässern der fischökologische Zustand mittels Fisch Index Austria (FIA) bewertet. Diese Bewertung nach EU-Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) hat weitreichende Auswirkungen für die weitere Umsetzung dieser Richtlinie in Österreich. Da Maßnahmen zur Verbesserung des ökologischen Zustands/Potentials von Gewässern, wie z.B. Fluss- Renaturierungen, sehr kostenintensiv sind, ist eine möglichst vollständige und solide Datengrundlage zur Einstufung der Gewässer von großer Bedeutung. Für den FIA wird vorrangig die Elektrobefischung zur Datengewinnung verwendet. Methodisch bedingt, sinkt die Aussagekraft von Elektrobefischungen in tieferen und größeren Gewässern, auf Grund der limitierten Wirkung des elektrischen Feldes. Auch ergänzende Befischungsmethoden, wie z.B. elektrifiziertes Bodenschleppnetz, Treibnetz, Legeleinen, Multimaschen Netze und Echolotaufnahmen sind Personal- und Kosten intensiv, schädigen teilweise die gefangenen Fische und können die bestehenden Datendefizite bei der Darstellung der Fischzönose nicht vollständig beheben.

Die Verwendung der eDNA, d.h. die Analyse von Fisch- DNA aus Wasserproben, als ergänzende, nicht invasive Methode zur Elektrobefischung, hat großes Potential einen Großteil dieser Defizite zu beheben, da die Probennahme einerseits sehr rasch und kostengünstig mit wenig Personaleinsatz erfolgt, eine höhere Detektionswahrscheinlichkeit für seltene, oft bedrohte Fischarten aufweist und deren Analyse Methoden ständig verfeinert werden. Darüber hinaus ist es sehr wahrscheinlich, dass diese Methode neben einem verbesserten Arten- Nachweis, mittels quantitativer eDNA (qPCR) auch robuste Daten zur Fischdichte und Fischbiomasse, zwei essenzielle Parameter in der Bewertung nach FIA, liefern kann.

Ziel dieses Projekts ist eDNA als eine potenzielle, zusätzliche Methode zur Bewertung des fischökologischen Zustands nach EU WRRL in Österreich zu untersuchen und sowohl deren Möglichkeiten als auch Limitationen darzustellen. Dazu sollen vergleichende Probennahmen, d.h. gleichzeitige traditionelle Elektro-Befischungen und eDNA Probennahmen, an ausgewählten Fließgewässern in Österreich durchgeführt werden. Mit diesen Untersuchungen wird das Potential dieser neuen Methode der Fischbestandserhebung evaluiert, um in weiterer Folge als zusätzliche Methode bei der Bewertung des fischökologischen Zustands in Österreich zum Einsatz zu kommen.

Schlagwörter (deutsch)

eDNA, Metabarcoding, Fische, ökologische Bewertung, Wasserrahmenrichtlinie (WRRL)

Titel, Abstract, Schlagwörter (englisch)

Titel (englisch)

eDNA as a potential additional tool for the assessment of fish ecological status according to EU Water Framework Directive in Austria – possibilities/limitations

Abstract (englisch)

Within the last 15 years, the fish ecological status of hundreds of water bodies in Austria has been assessed with the Austrian Fisch Index (FIA). This assessment, according to the European Water Framework Directive (WFD), has far-reaching implications for the further implementation of this directive in Austria. Since measures to improve the ecological status/potential of water bodies, such as river restoration, are very cost-intensive, it is of great importance to have a data basis for the classification of water bodies as complete and solid as possible. Electrofishing is the main fishing method to obtain data for the FIA. Due to the limited effect of the electric field, the significance of electrofishing decreases in deeper and larger water bodies. Supplementary fishing methods, such as electrified bottom trawls, drift gillnets, longlines, multi-mesh nets and hydroacoustic surveys, are also personnel- and cost-intensive, sometimes harm the fish caught and cannot eliminate completely the existing data deficits in the documentation of the fish population.

The use of eDNA, i.e. the analysis of fish DNA from water samples, as a complementary, non-invasive method to electrofishing seems to make sense, since sampling is very fast and inexpensive with little manpower required, has a higher detection probability for rare, often endangered fish species, and their analysis methods are constantly being refined and developed. Furthermore, in addition to improved species detection, it is highly likely that this method can provide robust data on fish density and fish biomass, two essential parameters within FIA assessment, using quantitative eDNA (qPCR) analysis. The aim of this project is to investigate eDNA as a potential additional method for the assessment of fish ecological status according to the EU WFD in Austria and to demonstrate both its potential and limitations. For this purpose, comparative sampling, i.e. simultaneous traditional electrofishing and eDNA sampling, will be performed at selected streams in Austria. With these investigations, the potential of this new method for fish population surveys will be evaluated, in order to be used subsequently as an additional method in the assessment of the fish ecological status in Austria.

Schlagwörter (englisch)

eDNA, metabarcoding, fish, ecological assessment, Water Framework Directive (WFD)

Projektziele

Die Bewertung des fischökologischen Zustands nach EU-Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) in Österreich erfolgt anhand des multimetrischen Fisch Index Austria (FIA). Dabei wird vorrangig die Elektrobefischung zur Datengewinnung verwendet. Methodisch bedingt, sinkt die Aussagekraft von Elektrobefischungen in tieferen und größeren Fließgewässern, auf Grund der limitierten Wirkung des elektrischen Feldes. Daher werden derzeit bei großen Gewässern der Kategorie D (wie z.B. die Donau) neben der Elektrobefischung auch ergänzende Befischungsmethoden, wie z.B. elektrifiziertes Bodenschleppnetz, Treibnetz, Legeleinen, Multimaschen Netze und Echolotaufnahmen verwendet. Diese „traditionellen“ Befischungsmethoden sind jedoch Personal- und Kosten intensiv und können die bestehenden Datendefizite bei der Darstellung der Fischzönose nicht vollständig beheben.

Die Analyse von Umwelt-DNA (eDNA) Proben wurde im Verlauf der letzten Jahre vermehrt für das Monitoring von biologischen Qualitätselementen (wie z.B. Makrozoobenthos, Phytobenthos und Fische) herangezogen. Mittels eDNA können sowohl gezielt einzelne, meist geschützte bzw. seltene Arten nachgewiesen werden, als auch das gesamte Arteninventar einer Tiergruppe erfasst werden. Die Kosten der eDNA Probennahme sind deutlich geringer im Vergleich zu herkömmlichen Befischungsmethoden. Der Fortschritt in der Entwicklung der Analysetechniken und die Aussagekraft von eDNA Proben erfolgt rasant und auch der ständig steigende wissenschaftliche Output zur Thematik weist auf das hohe Potential dieser Methode hin.

Ziel dieses Projekts ist eDNA als eine potenzielle, zusätzliche Methode zur Bewertung des fischökologischen Zustands nach EU WRRL in Österreich zu untersuchen und sowohl deren Möglichkeiten als auch Limitationen darzustellen. Neben der Möglichkeit die Datenqualität im Hinblick auf Artenvorkommen zu verbessern, soll auch der Einsatz von quantitativer eDNA (qPCR) bei der Erfassung der Fischdichte und Fischbiomasse, zwei essenzielle Parameter des Fisch Index Austria, überprüft werden. Dazu sollen vergleichende Probennahmen, d.h. gleichzeitige traditionelle Elektro-Befischungen und eDNA Probennahmen, an ausgewählten Fließgewässern in Österreich durchgeführt werden. Mit diesen Untersuchungen wird das Potential dieser kostengünstigen, nicht invasiven Methode der Fischbestandserhebung dargestellt, um in weiterer Folge als zusätzliche Methode bei der Bewertung des fischökologischen Zustands in Österreich zum Einsatz zu kommen. Somit kann die Aussagekraft der fischökologischen Bewertung mittels Fisch Index Austria verbessert werden und auch die meist sehr kostenintensiven Maßnahmen zur Zielerreichung laut EU WRRL, wie z.B. Fluss-Renaturierungen können besser evaluieren werden.

Praxisrelevanz

Im Rahmen der Gewässerzustandsüberwachungsverordnung (GZÜV) wurden und werden seit dem Jahr 2006 in hunderten Fließgewässern in Österreich der fischökologische Zustand mittels Fisch Index Austria (FIA) bewertet. Diese Bewertung nach EU WRRL hat weitreichende Auswirkungen für den Nationalen Gewässerbewirtschaftungsplan (NGP) und für die weitere Umsetzung der WRRL in Österreich. Da Maßnahmen zur Verbesserung des ökologischen Zustands bzw. Potentials von Gewässern, wie z.B. Fluss- Renaturierungen, sehr kostenintensiv sind, ist eine möglichst vollständige und solide Datengrundlage zur Einstufung der Gewässer von großer Bedeutung.

Herkömmliche Befischungsmethoden, wie Elektrobefischungen nach der Streifenbefischungsmethode laut Leitfaden des Bundesministeriums für Landwirtschaft, Regionen und Tourismus (BMLRT), sind besonders in größeren Fließgewässern mit hoher Artenzahl nur eingeschränkt geeignet, um seltene, großteils geschützte Arten nachzuweisen. Ebenso werden methodisch bedingt, bei Boots- Elektrobefischungen in tieferen Gewässern eher oberflächen- nahe Arten gefangen, während boden-orientierte Arten anteilsmäßig unterrepräsentiert sind. Laut Leitfaden werden derzeit bei großen Gewässern der Kategorie D (wie z.B. die Donau) neben der Elektrobefischung auch ergänzende Befischungsmethoden, wie z.B. elektrifiziertes Bodenschleppnetz, Treibnetz, Legeleinen, Multimaschen Netze und Echolotaufnahmen verwendet. Diese Befischungsmethoden sind jedoch Personal- und Kosten intensiv, schädigen teilweise die gefangenen Fische und können die bestehenden Datendefizite bei der Darstellung der Fischzönose nicht vollständig beheben.

Die Verwendung der eDNA, d.h. die Analyse von Fisch- DNA aus Wasserproben, als ergänzende, nicht invasive Methode zur Elektrobefischung erscheint sinnvoll, da die Probennahme einerseits sehr rasch und kostengünstig mit wenig Personaleinsatz erfolgt, eine höhere Detektionswahrscheinlichkeit für seltene, oft bedrohte Fischarten aufweist und deren Analyse Methoden ständig verfeinert werden und deren Sequenzierungskosten mit der laufenden technischen Entwicklung sinken werden. Darüber hinaus ist es sehr wahrscheinlich, dass diese Methode neben einem verbesserten Arten- Nachweis, mittels quantitativer PCR.auch robuste Daten zur Fischdichte und Fischbiomasse, zwei essenzielle Parameter in der Bewertung nach FIA, liefern kann.

Zur quantitativen eDNA (qPCR) und deren Anwendungsmöglichkeiten werden derzeit weltweit Untersuchungsprojekte initiiert, um eine weitere Entwicklung und Etablierung dieser kostengünstigen und innovativen Methode zu ermöglichen. In diesem Projekt wird durch die gleichzeitige Beprobung von Messtellen in unterschiedlichen Gewässern Österreichs mittels konventioneller Befischungsmethoden und der eDNA bzw. quantitativen eDNA (qPCR) Methode, beigetragen die Datengrundlagen zu schaffen, um die Aussagekraft der fischökologischen Bewertung mittels Fisch Index Austria zu verbessern und auch Maßnahmen zur Zielerreichung laut EU WRRL besser evaluieren zu können.

Berichte

Abschlussbericht

Kurzfassung

In dieser Studie wurde untersucht, inwieweit Umwelt-DNA (eDNA) – das heißt die Analyse von Fisch-DNA aus Wasserproben – als ergänzende, nicht-invasive Methode zur Elektrobefischung geeignet ist, um die Aussagekraft der ökologischen Bewertung von Gewässern mittels des Fisch Index Austria (FIA) zu verbessern. An 71 Probestellen in unterschiedlichen Fließgewässern in Österreich wurden eDNA-Analysen und Elektrobefischungen miteinander verglichen, um die Effizienz der eDNA zur Erfassung von Artenlisten, Artenvorkommen, relativer und absoluter Häufigkeit zu bewerten. Die eDNA-Methode identifizierte insgesamt 73 Fisch-Taxa, darunter 43 Arten, 3 Gattungen und 6 Artengruppen. Davon konnten 41 Arten auch durch Elektrobefischungen bestätigt werden. Die Artenvielfalt pro Standort war in eDNA-Proben im Durchschnitt höher, insbesondere in kleineren Flüssen. Auch die räumliche Verteilung zeigte eine hohe Übereinstimmung. Die qPCR-Analyse der eDNA lieferte zusätzlich belastbare quantitative Daten zur Fischdichte und -biomasse, die signifikant mit konventionellen Befischungen korrelierten. Die Ergebnisse zeigen, dass eDNA eine verlässliche, kosteneffiziente und nicht-invasive Monitoring-Methode sein kann, insbesondere zur Ergänzung der konventionellen Elektrobefischungsmethode im Rahmen der Gewässerzustandsüberwachung (GZÜV) gemäß EU-Wasserrahmenrichtlinie.

Berichtsdateien

Umwelt-DNA (eDNA) als ergänzender Beitrag zur Bewertung des fischökologischen Zustands nach EU WRRL in Österreich – Möglichkeiten/Grenzen, Endbericht, März 2025

Abstract (deutsch)

In dieser Studie wurde untersucht, inwieweit Umwelt-DNA (eDNA) – das heißt die Analyse von Fisch-DNA aus Wasserproben – als ergänzende, nicht-invasive Methode zur Elektrobefischung geeignet ist, um die Aussagekraft der ökologischen Bewertung von Gewässern mittels des Fisch Index Austria (FIA) zu verbessern.

An 71 Probestellen in unterschiedlichen Fließgewässern in Österreich wurden eDNA-Analysen und Elektrobefischungen miteinander verglichen, um die Effizienz der eDNA zur Erfassung von Artenlisten, Artenvorkommen, relativer und absoluter Häufigkeit zu bewerten. Die eDNA-Methode identifizierte insgesamt 73 Fisch-Taxa, darunter 43 Arten, 3 Gattungen und 6 Artengruppen. Davon konnten 41 Arten auch durch Elektrobefischungen bestätigt werden. Die Artenvielfalt pro Standort war in eDNA-Proben im Durchschnitt höher, insbesondere in kleineren Flüssen. Auch die räumliche Verteilung zeigte eine hohe Übereinstimmung. Die qPCR-Analyse der eDNA lieferte zusätzlich belastbare quantitative Daten zur Fischdichte und -biomasse, die signifikant mit konventionellen Befischungen korrelierten.

Die Ergebnisse zeigen, dass eDNA eine verlässliche, kosteneffiziente und nicht-invasive Monitoring-Methode sein kann, insbesondere zur Ergänzung der konventionellen Elektrobefischungsmethode im Rahmen der Gewässerzustandsüberwachung (GZÜV) gemäß EU-Wasserrahmenrichtlinie.

Abstract (englisch)

This study investigated the extent to which environmental DNA (eDNA), the analysis of fish DNA from water samples, can serve as a complementary, non-invasive method to electrofishing in order to enhance the reliability of ecological assessments of water bodies using the Fish Index Austria (FIA). At 71 sampling sites across various rivers in Austria, eDNA analyses were compared with electrofishing data to evaluate the effectiveness of eDNA in providing species lists, species occurrence, and both relative and absolute abundance. The eDNA method identified a total of 73 fish taxa, including 43 species, 3 genera, and 6 species groups. Of these, 41 species were also confirmed by electrofishing. On average, species richness per site was higher in the eDNA samples, particularly in smaller rivers. Spatial distribution patterns also showed a high level of correlation between the methods. Furthermore, qPCR analysis of the eDNA provided robust quantitative data on fish density and biomass, which significantly correlated with conventional electrofishing results.

The findings demonstrate that eDNA can be a reliable, cost-effective, and non-invasive monitoring tool, particularly as a supplement to conventional electrofishing within the scope of ecological status monitoring (GZÜV) under the EU Water Framework Directive.

Autor/innen

Pont, D., Schabuss, M., Zornig, H.